民政局長水野遵對於台灣統治，當時曾提出放逐殺戮、強制同化與放任三案，請樺山定奪；總督竟不裁決。

當時的實況是，總督府的武官都主張殺戮放逐，文官中僅有一、二成反對；而民間由於日本內地人口過多，有移民的需要，因而，其著名的啟蒙大師福澤諭吉，就主張放逐我島民，成為無人島，希望能將日人三、五十萬移民來台。
這就是當時樺山總督沒有裁決而私下運行的統治方案。

試想，當年兩岸航行並不安全，傳說移民來台者，十人中只有一人真能平安抵達我島，而內山又有會出草馘首的原住民。

據我島民回憶，初起時，日軍是──
「日軍自從入城那天開始，日夜間四城門都有日本兵站崗，盤問進出人等，眾百姓看到日本崗兵時，都要鞠躬行禮，日本兵昂然而立，稍有不順，便遭日本兵毒打，使百姓產生很大的怨恨和厭惡感。緣於日本人本身對待日本人，都是上級管下級，……，動則不是打，便是踢，而以這種管訓方式對待本島人，本島人是受不了的，其次是日本人『有禮無體』，男人一回家便穿著像丁字布的褲子，赤身露體，群集井邊、河邊，毫無遮蓋的就在那兒洗澡，女人隨地依著樹下、牆角，就脫褲小便，……，於是百姓大為反感，其次，所有清季列入祀典的大廟均為日本人占住，列為禁地，台灣人不可隨便進出，使得百姓更是厭惡；再則一有人告誰是匪徒或誰與匪徒有關連，必定會受到搜家查問，不堪其煩，恐懼得很。」

在台洋人Aminaff觀察台灣局勢而於1895年7月15日發出的信中，所提出的重大疑問：正可以與前及總督拒簽民政局長呈文相聯繫──
「是時何以日人未將其意圖，直接簡明用文告宣佈，實令人費解？」

而印證當時一位順民林玉銓氏為日軍諜報，在1895年6月30日前後，他對日軍的報告裡卻有令我們後人終於恍然大悟的痛心資料。所謂：
「……銓所經的各莊百姓無不叫苦連天。連日心存求降，……銓見此景，乃命連山〈人名〉至各莊，請出其人，令其諭其莊人歸順。目前急需告示貼於各店。銓與連山同往各莊宣撫土民，以免各莊百姓掀起擾亂。……日本大軍所到之處，竟無人安撫百姓；……切盼據此函，將此情況轉達上憲大人，請旋即發下告示，託師團司令部寄送中港。銓將持往各村莊加以貼告，以安土民，並阻止逃亡與擾亂。銓見眾多百姓均不堪其苦，良民慘死者亦為數良多……」

另，關於台北城的慘狀，則有如此的紀錄──
「如16日，竟在大稻埕亦炮聲歷歷可聞，入夜，余下淡水河之際，自甲板上竟可指認南方延燒村落之火焰。……一般良民亦無疑將受災累……各地流佈日軍慘無人道之風聲……邇來放火於全邑，凡欲逃亡至新竹、臺北者，勿論男女老幼，皆予格殺一節，殆可置信。」
「大稻埕不日將復蒙戰火。此言一出，竟在中國人間引起一場大恐慌，因競相逃往中國內地，勿論輪船小艇，夕載數百歸去，翌晨復候於海岸西望者數千……」
「臺北以南的十哩四方之地，已被日人所荒蕪，約有六萬人口無家可歸。……25日，……鬥爭、暴行、殺戮以及搶劫，仍屬日常之事。……臺北艋舺一區，竟每百人即有88人，向中國內地逃亡，且此風似無日可戢。」

以上即是當年樺山總督在我島上的概要。

第一階段：武官總督——建立軍人和警察統治（1895—1919）
這段時期日本建立軍人和警察統治系統，屠殺和壓制反日的台灣人。

樺山資紀（1895—1896）：發動「乙未戰爭」，對全台進行無差別掃蕩，造成40萬以上台灣軍民死亡。首任民政局長水野遵在1895年9月上報給伊藤博文的資料中，明確提到台灣西部人口（不計東部）即有300萬人以上。接收一年後的殘酷事實（1896）：經過一年的軍事鎮壓（乙未戰爭與各地屠殺），日本再次調查時，人口竟只剩257萬人。

桂太郎（1896—1896）：確立軍事統治方針，將所有抗日志士定性為「土匪」予以擊殺。

乃木希典（1896—1898）：實施「三段警備制」，發生慘烈的 雲林大屠殺，日軍焚毀數千戶民宅，屠殺上萬平民。

兒玉源太郎（1898—1906）：民政長官後藤新平主導，頒布《匪徒刑罰令》，並誘騙抗日領袖參加「歸順式」後用機關槍集體掃射。

佐久間左馬太（1906—1915）：發動「五年理蕃計畫」，動用正規軍砲擊部落，並建立 通電鐵絲網（電網）圍困原住民，掠奪頂級檜木。

安東貞美（1915—1918）：爆發「西來庵事件」，具名處決人數高達866人，對整個村落進行報復性搜捕。

明石元二郎（1918—1919）：引入「韓國憲兵政治」，強化「特高」警察與「即決處分」，透過《森林法》強占土地收歸國有。

第二階段：文官總督——制度剝削與「精神閹割」（1919—1936）
這段時期日本改用「法律」和「高額稅收」來吸血。

田健治郎（1919—1923）：推動「內地延長主義」，實則是以同化之名消滅漢文化與民族意識。

內田嘉吉（1923—1924）：加強 專賣制度，鴉片與樟腦利潤成為殖民財政的主要來源。

伊澤多喜男（1924—1926）：嚴厲打壓 台灣議會設置請願運動，大量逮捕知識分子。

上山滿之進（1926—1928）：發生 東港事件 等冤獄雛形，強化對台籍精英的監視。

川村竹治（1928—1929）：對農民運動進行「二一二大搜捕」，讓台灣農民陷入「無生可享」的絕境。

石塚英藏（1929—1931）：爆發 霧社事件，日軍甚至使用 糜爛性毒氣 攻擊原住民，震驚國際。

太田政弘（1931—1932）：實施嚴格物價管制，並對農村課以重稅以支付保甲費。

南弘（1932—1932）：延續壓榨政策，確保台灣糖業利潤全數流向日本財閥。

中川健藏（1932—1936）：確立「工業日本，農業台灣」方針，閹割台灣工業發展主權。

第三階段：後期武官總督——戰爭動員與「末日掠奪」（1936—1945）
這段時期是「強徵軍工、慰安婦」與「全島資源透支」的高峰。

小林躋造（1936—1940）：啟動「皇民化」，強迫改姓名、禁閩南語，毆打講母語的學生。

長谷川清（1940—1944）：強制徵調20萬台灣青年赴南洋當砲灰，並大規模徵調 慰安婦。

安藤利吉（1944—1945）：最後一任總督，戰敗前夕濫發「武尊千圓券」導致惡性通膨，並下令銷毀所有暴行檔案。