當年，面對樺山資紀總督和桂太郎總督留下的殘局，乃木總督曾有下述似乎誠懇自我批判的官方重大言論：
「余不日中，即將渡台，到任之首要工作並非討伐抗日份子，而是懲治暴官汙吏；將裁汰現有員額之半數；而今後之任用官吏所採方針者，第一為有意永居台灣者，至少能使台灣人民有同化之熱情者；其才學如何，並非首要之條件……」

然後，1897年初，他不只是對官民諭告：
「台灣由於戰勝之結果而行接收，以兵馬臨之，砲煙彈雨方收，內地人接踵而來，其多數倚藉戰勝餘威虐待在地人民；物品之買賣，以至借貸，往往背理枉法，利己損人，毫不為意；至文武各官，亦聞有以職務上之威力臨之；一旦有不從命者，或稍有涉嫌犯罪者，即行縛捕拘禁，甚至加以鞭笞者；於是雖告以非法，訴其無辜，而終不能免者，相率啣之；弱者徒自畏懼，強者遂至反抗。……」

另外，乃木總督屬下的法務部長高野曾有報告給松方內閣，應也可參考──
「本年一月討伐臺北、宜蘭附近土匪之際，未能精密甄別良民、土匪，殺戮幾千民人，燒毀多數民屋及財產，……日本軍人通情民家婦女，癡情之極，竟帶領兵卒火燒民家，欲殺害其婦之夫及其家人，或殺害數位婦人。軍夫等下等日本人胡亂翻弄戰勝者之威勢，沒有來由地凌虐支那人，理不順則毆打之，或掠奪財物、家畜，或姦淫婦女，種種非行多矣」

乃木總督還在給朋友的信中，自白稱：「乞丐得馬」，被踢傷、咬傷；最後，事態發展到他想把台灣轉賣給列強：
「臺灣併入日本之後，日本分文未賺到不說，反而犧牲了許多人的生命。日本無力改變臺灣人的清國情結，也難以在臺灣取得經濟上的收益，更無力治好臺灣，這個賠本的事情不能再做了，乾脆將臺灣賣給佛國（即法國）。」
官方頗受各方攻擊，大失面子。我們可想見乃木的處境與治績。