當時，1896年6月，剛好這位長州藩要角獲得台灣總督的最新任命；但尚未就任，就發生了洋人指認為過分的殺戮。日人文獻曾如此承認──
「雲林支廳廳官及守備隊，在六日間將距雲林縣數里之遙的三坪頂附近村落70餘莊燒毀，其村落之民人不分善惡曲直，數百人盡行殺戮，或將在莊數名女子強姦後殺害，或侵入民屋取去錢財。據云其中更有將莊中67人連結，一齊掃射擊殺，採去人膽者。……漫然出動軍隊，於是刺激附近民眾，這應是此次暴動蜂起的基本原因。」
這就是著名的、引起西方媒體抗議、驚動天皇的「雲林大屠殺」的素描之一。

前途看好的桂太郎如何肯面對這個沉重的、與己無關的責任？當時，原本長州藩首腦伊藤博文帶領了內務省的衛生顧問後藤，伴隨桂來台就任，沒幾天就返回東京，很快就另行任命在這次征台戰役中確有相當戰爭責任的長州藩師團司令官乃木希典為我島總督。

此情況，乃有日人史書中所承認的──
「乃木總督、曾根民政局長傾向於將台灣住民趕出，結果還是採取了鼓勵台灣住民繼續留下的政策。1897年3月19日總督府向轄下官廳發出內訓……」

不過，第一任總督樺山時代留下的問題，哪裡是一個內訓或者詔書就能改變的；
「樺山時代的人事課長木下新三郎感嘆說，當時來台灣的大多是在日本國內不得志的人或失意的人。總督底下沒有很能幹的人。鹿兒島人尤其囂張，只要是鹿兒島人，不管是否人才，皆予以錄用，故他感覺很無奈和痛苦。」

我台著名文化人林呈祿曾如是描述其家族在1896年農曆二月的遭遇──
「日軍包圍進剿桃園拔仔林一帶，大肆屠殺，放火焚燒民房，當時除了婦女小孩之外，凡是男人壯丁無一得能倖免，不但先父林振威和16歲的二兄也在這次的屠殺中被日人所殺死，我們的住家也被他們放火燒掉。……」

而一日人軍夫千人長在其日記中則如此描述：
「此日，縱隊在宜蘭、礁溪間，搬運糧秣，行程來回五里。此間的道路，均是水田間的小徑，沿途的民屋幾乎都被兵燹所燒毀，今在河中田畔等，仍佈滿死屍，其數量多得數不清。」