1746年，霧峰林家先祖林石由福建漳州平和移居台灣彰化。乾隆年間，林爽文亂後再遷居阿罩霧(今霧峰)。

霧峰林家首先在歷史留名的是林文察（1828-1864），他隨左宗棠平定太平天國之亂有功，清廷贈太子少保，死後追封騎都尉世襲，並准建專祠。

林朝棟（1851-1903）為林文察長子，「少好讀孫子兵書，韜鈴行陣諸書」，1884年率鄉勇棟字軍擊退侵台法軍，被封二品官銜。祖母楊水萍也被封為一品夫人。1895年，清廷割台，林朝棟率領義軍將領抗拒日本軍隊的占領，後奉清廷旨令不得不舉家內渡；1903年終因台灣淪陷氣恨交加，不幸客死上海，臨終遺言：「台灣，是在我任內丟失的，我的家人，一定要設法把台灣收回來。」

林朝棟三子林祖密（名資鏗，字季商，1878-1925）個性剛強，1895年隨父內渡，1898年返台，治理林家龐大的產業，並不遺餘力支持台胞的反日武裝行動。他拒絕日本殖民當局高官厚祿引誘，以廈門鼓浪嶼三丘田林公館的大宅紅樓為基地，熱烈擁護孫中山先生領導的國民革命。1912年6月9日前，他向日本殖民當局提出退籍申請，未准。1913年以孫中山為首的革命派反對袁世凱的「二次革命」失敗。林祖密積極響應孫中山號召，毫不猶豫地參加中華革命黨，並於11月18日成為第一位恢復中國國籍的台胞。1915年4月1日又獲准註銷日籍手續，放棄在台灣擁有的巨額家產。

1915年12月，袁世凱宣布改次年為洪憲元年，復辟帝制，掀起了全國規模的反袁護國運動。林祖密憤然疾呼：「篡國殃民，棄義為詐，國且不國，更何有台!」，並召集漳、泉革命志士在鼓浪嶼寓所聚會，商討鏟除袁世凱和北洋軍閥大計。他捐獻數十萬銀兩做為軍餉，資助閩南的靖國、護法兩支民軍，並籌劃建立一支革命武裝。原先在台抗日的張國民(張呂赤)、高義、賴忠等均率部投奔麾下，住在閩南各地的台胞也紛紛報名入伍。1917年7月，張勳復辟，孫中山發表《討逆宣言》，號召護法。林祖密真誠擁護革命，積極投身護法運動。

1918年1月6日，孫中山以中華民國海陸軍大元帥名義，任命林祖密為國民革命軍閩南軍司令，負責指揮閩南的軍事行動。林祖密受命後即在鼓浪嶼寓所設立領導機關，並派員分赴閩南各地開展活動，還在漳州文昌宮辦隨營學校(陸軍學校)，公開招募知識青年參軍，選聘優秀軍官任教官，同時聘請知名學者講授文化課，提高官兵素質。8月，孫中山委派「援閩粵軍總司令」陳炯明率粵軍入閩，駐師漳州，開展護法和反軍閥鬥爭。林祖密積極配合，組織德化、永春兩縣群眾起義，分兵攻打仙游、安溪、大田、永安、漳平等七縣，戰績顯著，革命聲勢大振。其後，閩南民軍接受改編，林祖密被任命為預備隊司令，後改任汕頭警備司令。

1919年12月4日，林祖密又依陸軍部令第218號被命為陸軍少將。1921年孫中山率軍入桂，林祖密應調任粵大本營參議、隨軍參贊戎機、大總統參議兼侍從武官及廣三鐵路監督。1922年6月，「軍政府陸軍部長兼內務部長」陳炯明背叛革命。林祖密拒絕附從而被扣押，獲釋回閩後，應福建省省長林森之邀，赴福州任水利局長。1923年7月，北洋軍閥孫傳芳率部入閩。

1925年，林祖密辭歸鼓浪嶼，走「實業救國，利國利民」的道路，先在南靖徑口創建南靖墾牧公司；繼在漳平、龍岩設廠，開採鐵礦和煤礦；接著又設立華葑疏河公司，發展交通運輸事業，著手開闢九龍江北溪上游從羅漢溪至新圩(華安縣境)全長二十五公里的航道。8月23日，他前往華安華葑疏河公司視察，不幸於途中被軍閥李厚基舊部張毅殺害。

林祖密犧牲後遺有九子。長子林正熊（志民，亦名少密）繼承父志，帶兵與軍閥作戰；在戰亂中身受重傷，雙目失明。其後，實踐林朝棟遺囑的責任便落在1915年生於鼓浪嶼三丘田林公館，排行第五的林正亨身上了，其事蹟請參見《抗戰英雄、中共烈士、霧峰林家 林正亨》。

林祖密