1959年靖國神社低調的將1,000多位B（乙）、C（丙）級戰犯的名字給迎入了神社內合祀。1966年日本厚生省將含有A（甲）級戰犯的祭祀名錄交給當時的靖國神社宮司筑波藤磨（1905～1978），但筑波並沒有把他們迎入神社內祭祀，即使受到國內右派的強大壓力，但他始終堅持A（甲）級戰犯是「戰爭的責任者」，所以反對把他們給迎祀進靖國神社內。
其實早在前一年（1965年）7月，筑波藤磨就自己提案給靖國神社的「總代會」（類似於董事會）並獲得同意，在拜殿左側建造了一間名為「鎮靈社」的小建築，用來祭祀幕末嘉永六年（1853年）以來因反幕戰爭死亡但沒有被迎入祭祀的孤獨亡靈，例如西南戰爭中的反政府戰死者。
筑波藤磨，原名藤磨王，其遠祖可追朔至日本南北朝時期（1336～1392）北朝第三代天皇崇光天皇的皇子榮仁親王（1351～1416），為日本南北朝時代兩大皇統之一持明院統的嫡流。或許是因為自小身體虛弱、也或許是不喜歡打打殺殺的軍事活動，因此筑波藤磨沒有跟隨當時的軍國主義風潮成為一個職業軍人，而是進入東京帝國大學師從著名日本史學家黑板勝美（Kuroita Katsumi，1874～1946）學習歷史。因為是日本皇族的關係，筑波在1925年就被推選為貴族院（上議院）議員。但淡泊名利的筑波，在1928年7月向天皇請求脫離皇籍，之後被賜姓「筑波」，被封為侯爵。而早在他大學畢業之初，筑波藤磨就自費在自己位於東京代代木的家裡成立了「筑波歷史研究室」，每年都出版史學文獻目錄《國史學界》。日本無條件投降後，筑波藤磨從1946年1月25日開始一直到1978年3月過世為止，擔任靖國神社的宮司長達32年。
筑波藤磨過世後，新任靖國神社宮司的松平永芳（戰敗時期的宮內大臣松平慶民長子，為二戰日本海軍少校退伍）就在同年10月17日趁著舉行秋祭的機會，以「昭和殉難者」的名義把甲級戰犯東條英機等14名甲級戰犯的名字偷偷寫入靖國神社的【靈璽簿】內，從此靖國神社的性質有了根本性的改變，搖身一變成為日本右翼勢力為軍國主義招魂、為侵略戰爭翻案的政治舞台。軍人出身的松平永芳對於所謂的「東京審判史觀」是持否定態度，他認為即使是A（甲）級戰犯，獲死刑的戰犯和戰亡者並沒有什麼差別。簡單的說就是日本右翼分子藉著迎入這些甲級戰犯來否定戰後的「東京大審（遠東國際軍事法庭，極東國際軍事裁判／東京裁判）」及日本應負之戰爭責任。
為避免引起亞洲鄰國的反感與抗議，此後昭和天皇便不再參拜靖國神社，明仁天皇於1989年繼位之後也未入社參拜。而在二戰結束後的1952年10月至1975年11月昭和天皇曾前後8次參拜「靖國神社」。
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