吳俊瑩在2016/4/29發表《你看的真的是行政院版的二二八事件調查報告嗎？》。以下節錄部份原文：

行政院版的二二八報告1992/2/22日正式公布。但是這份報告乃至十冊的檔案史料集，當時並不容易看到，現在也是。

目前坊間容易入手，也是學者引用最多者是1994/2/20日由時報公司出版的《二二八事件研究報告》，這本書封面掛上「行政院研究二二八事件小組」，直覺地會以為這就是行政院版的報告。

〈時報版〉與〈行政院版〉約間隔二年，前研究小組委員兼總主筆的賴澤涵，在〈時報版〉序中提到：

報告公布後，關於二二八事件的書籍、回憶錄和論文相繼問世，『執筆人已參考相關資料對本報告加以修改或補充，因之本稿文字較公佈時略有增刪，惟解釋與觀點並未因之而改變，特此聲明。』

但是執筆人究竟增刪什麼內容？沒有比對，不得而知。

〈行政院版〉提到蔣介石的「責任」問題，有以下結論：

【無疑地，蔣主席在平息「二二八事件」中的角色是眾所矚目的問題。身為國家元首，蔣氏對叛亂活動，自有派兵鎮壓之職權。然而，此項決定有無瑕疵、執行過程有無弊端，卻也不容忽視。據各項資研判，處委會之所做所為充其量只為求高度自治，並無反叛中央之意，但蔣氏因軍務倥傯，無暇查證，又過度信任陳儀，接受其請兵之要求，不能不說有失察之疵。

其後，蔣氏亦了解真相，但歷史的錯誤已鑄，難於挽回。其次，在執行綏靖任務時，報復、違紀事件不少，亦一憾事。固然蔣氏的確曾一再嚴申紀律、禁止報復，但終未能防止弊端之發生。而在事後，臺籍官僚（如丘念臺、蔡培火）曾建議懲治失職者，以平民怨，他也未能接納，以致留下長期的社會傷痕，確有考慮未週之處。】

這段內容竟然在〈時報版〉完全刪除，一字不留，取而代之的是換上一段〈行政院版〉報告所無之內容：

【「二二八事件」誠然為近代台灣史上之重大悲劇，而此悲劇的造成，乃為諸多因素交互激盪的結果。台民在殖民統治下五十年，日人處心積慮所設計的隔離政策，造成台民對祖國的隔閡，更何況在日人有心的教育下，台民的認知和價值觀，已與大陸民眾有明顯的差距。

相對地，大陸民眾及政府官員對台灣的情形，亦非常陌生；加上當時大陸戡亂情勢日趨惡化，政府自無心力對台灣付出更多的關懷，而主政者不能體察民情，反在政治上打壓台籍人士。再者官員無能，貪污情況嚴重，更加深人民對政府的不滿。

惟台灣在二次大戰時曾遭到嚴重的破壞，中國大陸又因政局動盪，戰亂不絕，無力支援台灣，復原工作自非短期所能達成，此項客觀適時始終未能普遍為當時台民所了解。故悲劇的發生實亦有當時主觀與客觀因素的存在，亦非主政者所能完全控制。】

〈行政院版〉與〈時報版〉《二二八事件研究報告》

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〈時報版〉刪除了「蔣氏的確曾一再嚴申紀律、禁止報復」。這個命令關鍵到所謂「大屠殺」的責任歸屬，顯然地，〈時報版〉之所以刪除，欲陷蔣介石於不義的用心昭然若揭。

雖然〈時報版〉的結論是「悲劇的發生實亦有當時主觀與客觀因素的存在，亦非主政者所能完全控制」。但是對發生的因素，指出的有「在日人有心的教育下，台民的認知和價值觀，已與大陸民眾有明顯的差距」，可是，什麼樣的「認知和價值觀的差距」，卻是語焉不詳。

然而明確指出「主政者不能體察民情，反在政治上打壓台籍人士。再者官員無能，貪污情況嚴重」，導向官逼民反的含意不言而喻。