考古學家以──距今約7,000年至4,700年之間位於今臺灣新北市八里區埤頭里公田聚落南方的大坌坑文化遺址來分析，在1,000年內大坌坑文化逐漸散播到整個南島語族的分布範圍，即北至夏威夷群島，東南至復活節島，西南至紐西蘭群島的三角形區域之內。學者認為大坌坑文化與大陸福建、廣東的新石器時代文化有密切的關係。賈德．戴蒙因此直言──臺灣是南島語族（Austronesian）的故鄉，目前世界所有其他的南島語，西起馬達加斯加島上的南島語，東到復活島上的，都是由臺灣出發的祖先群帶出去的。
《民族語》基於白樂思（Robert Blust，1940～，夏威夷大學馬諾阿分校語言學博士）1999年的新分類，將1,256種南島語言，分為10大分支（分群），是民族語有列出語系中，語言數目第二多的語系。而臺灣原住民說的26種南島語構成其中。
就因為南島語內部，包含上千種語言；因此一部分學界參照區分生物地理區域的華萊士線（Wallace Line），將南島語分別為東、西兩大支，即大洋洲語（Oceanic，含大洋洲波里尼西亞、密克羅尼西亞、美拉尼西亞三大群島語言，以及新幾內亞東部語言）與非大洋洲語（Hesperonesian，含馬來西亞語、印度尼西亞語、爪哇語、菲律賓語等）。臺灣原住民的語言，在語區上被歸屬為西支，但部分語言學家在與數百種南島語進行同源字鑑定與百分比計算、探求各語言之間的親疏關係後，有學者認為臺灣在南島語的源頭與擴散上具有特殊的地位，甚至有獨立為福爾摩沙支，與東西兩支鼎立的說法。
（Ⅰ）賈德．戴蒙（王道還、廖月娟譯）：《槍炮、病菌與鋼鐵～人類社會的命運》（時報文化），p373～377。
（Ⅱ）維基《中文百科》之【南島語系】（https://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%8D%97%E5%B3%B6%E8%AA%9E%E7%B3%BB）。
（Ⅲ）《科學人博學誌：科學探險奇兵》（科學人／2019.11.29），p122。
（Ⅳ） 詹素娟：《典藏臺灣史（二）臺灣原住民史》（玉山社），p16～17。
◆另根據《維基百科》與《百度百科》的解釋：波利尼西亞人（Polynesians）是大洋洲一系列族群的總稱，他們使用玻利尼西亞諸語言，屬於南島語系的一個分支，並居住在玻利尼西亞。即北至夏威夷群島，東南至復活節島，西南至紐西蘭群島的三角形區域，包括毛利人、薩摩亞人、東加人、吐瓦魯人、夏威夷人、塔希提人、托克勞人、庫克島人、瓦利斯人、紐埃人、復活節島人等10多個支系。以1978年的統計顯示，波利尼西亞人口總數約有90多萬人。
◆除了依據大坌坑文化遺址來判斷南島民族是如何移入臺灣的之外，也可以從山地陸稻（即旱稻）的移入路線來追蹤和推演臺灣原住民是從何移入的。目前已知，稻起源自長江流域，後來與山東起源的黍、稷一起往南方傳播，之後再隨移民進入臺灣，這個路線也許透露南島語族遷徙的線索……而從生物分類學來分析，陸稻和水稻其實是同一種（species），都屬亞洲栽培稻（Oryza sativa）。稻子既能生長在水田也能適應旱地，栽種在水田的叫水稻，種植在旱地的就是陸稻了。
根據南科文化遺址（臺灣南部科學工業園區臺南園區各個考古遺址的統稱）挖掘到的稻米化石，大約5,000年前，臺灣史前的原住民即以旱作的方式種稻，以作為日常食用的糧食。這個農耕生活的方式，一直延續到明末清初，福建沿海一帶的漢人移民來臺，才引進「秈稻」和水田的耕種技術。
而這些經過千年環境演化，早已適應臺灣日照長度與溫度的山地陸稻，之後意外與日本的稻米品種－－龜治和神力的基因混合，就孕育出適合臺灣氣候的「臺中65號」稉稻－－即今日蓬萊米的祖先。
參見－－《山地陸稻很有事！破解臺灣蓬萊米身世，發現南島語族遷徙線索》（https://research.sinica.edu.tw/hsing-yue-le-rice-gene-austronesian/）。
◆在追蹤山地陸稻之後，也可以從──雞、豬、狗、太平洋鼠（又稱玻里尼西亞鼠、緬甸小鼠、緬鼠，是世界上分布第三廣泛的鼠類，僅次於褐鼠，黑鼠）……麵包樹、芋頭、香蕉、構樹等70多種植物所構成的「農業包裹」來追蹤探討南島語族的遷移路徑與過程。這其中又以原生於東亞與中南半島的構樹最具代表性。
中央研究院生物多樣性研究中心副研究員鍾國芳，透過分析──臺灣、大陸、中南半島、日本、菲律賓、印尼蘇拉威、新幾內亞及大洋洲島嶼，共計604個構樹樣本，在母系遺傳的葉綠體基因組ndhF與rpl32兩個基因間的DNA序列中，偵測到48個單倍型。其中分布在太平洋島嶼的構樹都帶有南臺灣構樹特有的單倍型cp-17，這可以證實太平洋構樹的起源地就是臺灣。而分布於北臺灣構樹的單倍型多樣性則較低，但幾乎都攜帶cp-1或cp-1衍生型的單倍型，cp-1是福建至華中一帶最常見的單倍型…由此可以推斷北臺灣帶有單倍型cp-1的構樹可能是南島語族「先祖」由福建從北臺灣登陸的證據。這樣的推論與臺北盆地五股13號鑽井中的桑科植物地質花粉出現年代，以及八里大坌坑文化遺址出土的有溝槽石拍打棒的年的相當一致，顯示構樹單倍型cp-1可能是南島語族的「先祖」、「出南中國」、「入北臺灣」的遺傳印記，而這樣的推論與近年來馬祖「亮島人」遺骸粒線體DNA分析結果也頗為一致。
此外，根據英國自然史博物館以及美國國家標本館於1959年和1964年採集自新幾內亞山區部落栽種的構樹標本，其中偵測到一株帶有cp-17、兩株帶有cp-34的構樹。由於cp-34是廣東至中南半島一代最常見的基因單倍型，最有可能源自於中南半島，暗示了「多元擴散路徑假說」的可能性。而同時發現cp-17與cp-34似乎又顯示，來自臺灣與中南半島兩股元素交會「入侵」了美拉尼西亞的新幾內亞海岸後，巴布亞人把此南島文化元素「整合」帶入新幾內亞山區，與「航海廊道整合說」不謀而合。
所謂的「基因單倍型」指的是，染色體上的DNA序列在複製的過程中偶爾會發生突變，造成了不同染色體間DNA序列的差異，這些位於同一染色體區位但序列不盡相同的DNA序列就稱為：「基因單倍型（又稱：單元型／haplotype）」。經過分析，單倍型之間的關係及演化途徑可藉由「單倍型網狀圖」呈現。染色體的某些區域中DNA中有較高的突變率，會產生較高單倍型多樣性，這些不同的單倍型隨著物種族群的消長而散布各處．而藉由分析單倍型地理分佈來檢視物種族群歷經傳播、擴張、隔離等歷史的研究領域，稱為親緣地理學。
參見──《科學人博學誌：科學探險奇兵》（科學人／2019.11.29），p121～125。
◆人類首次運用語言來解決民族起源問題，其實是從印歐語系（Indo-European languages）的研究開始的。早在十六世紀，人們就已察覺歐洲所使用的義大利語、凱爾特語、日耳曼語以及波羅的語、斯拉夫語，與遠在印度所使用的所謂「雅利安語」存在著相似性。英國的威廉•瓊斯 （William Jones）爵士在1786年第一個提出這些語言可能有共同的祖先，這就是所謂「印歐語系假說」……
臺灣的原住民在語言上是屬於南島語族，南島語系是西元1,500年之前世界上分佈最廣的語系，現在世界上講南島語的人口超過兩億，散佈在北到臺灣，西至馬達加斯加島，南至紐西蘭，東達復活節島之間的廣大地域。1600年，荷蘭商船在馬達加斯加島進行補給之後，一路航行至印尼，他們發現馬達加斯加島民所說的話與馬來語極為相似。後來學者又進一步發現西玻里尼西亞語也同馬來語類似。到了1838年，Wilhelm von Humboldt提出了馬來－－玻里尼西亞語（Malayo-Polynesian）一詞，來統括分佈於島嶼東南亞與太平洋地區的語言。1906年，奧地利學者Wilhelm Schmidt提議以Austronesian（意為南方島嶼）一詞取代原先的馬來‧玻里尼西亞語……
有關南島語系的起源問題，臺灣的地位相當重要，因為有不少學者主張臺灣及中國東南沿海一帶是南島語系的早期起源地，特別是澳洲的考古學者貝爾伍德（Peter Bellwood，1943～）。其他的語言學家也多有贊同此說者，如Robert Blust（白樂思）認為在大約西元前4,500年的時候，原南島語（Proto-Austronesian）分化為臺灣和馬來－－玻里尼西亞語（MalayoPolynesian），臺灣可能是南島語的起源地，至少非常接近這個起源地。澳洲語言學者Darrell Tryon則推測最早的南島語起源於華南，在5,000～6,000年前遷移到臺灣，再由臺灣東南部的阿美語族群遷徙至菲律賓，並進一步擴展至馬來半島、印尼及大洋洲。其他如Stanley Starosta（帥德樂）和Lawrennce Reid等語言學家也持近似的看法……
臺灣可能是南島語系起源地的說法，在語言學研究中似乎已經成為一種優勢的見解，但是最近遺傳學家所做的基因研究中，卻提出不同的觀點。像中國大陸的──宿兵與金力等學者就南島族群男性的Y染色體進行分析，結果發現東南亞才是南島民族的發源地。不過，看似較為「科學」的DNA分析也有歧異的研究結論，Terry Melton的基因研究就支持「臺灣南島原鄉論」的觀點，他推測臺灣為遺傳獨立區域，環太平洋地區的南島族群極可能自臺灣擴散出去。也有學者的DNA分析結論是認為：東印尼才是南島族群的原鄉，可能的地區為婆羅洲東南部及印尼東部的摩鹿加。另外更有學者指出從DNA分析來看，原住民在臺灣的歷史不是只限於最近的6,000年，而是更久遠，甚至早於12,000年。
針對語言學與遺傳學研究結果的歧異，大家都寄望於考古學的研究成果。已故的張光直院士曾提出臺灣北部的大坌坑文化（距今約7,000～4,700年前，為臺灣新石器時代）很可能是南島民族早期所遺留的考古文化，最近焦天龍先生在張光直先生的理論基礎上，提出大坌坑文化與大陸東南史前文化在特徵上表現出很強的共性，其發源地是在大陸東南沿海地區……臺灣中央研究院歷史語言研究所研究員臧振華以考古證據提出一種綜合性的假說──《多元擴散路徑假說》，他認為南島民族是原居於大陸福建、廣東沿海的新石器時代居民，約在5～6,000年前開始向臺灣移民，而這批抵達臺灣的南島居民主要是在臺灣獨立發展，並透過海上活動與大陸東南沿海和東南亞的人群有所接觸，而可能受到若干影響，其間也有可能偶爾有來自華南及東南亞的少數新人群移入，結果才造成了現代臺灣南島語言和文化的高度複雜性。
參見－－陳健文：《語言與民族起源及遷徙的關係～以印歐語言和南島語族為例》。
澳洲學者貝爾伍德提出的《南島語族出臺灣說》，則是整合了考古學、語言學、遺傳學等資料，貝爾伍德認為南島語族的「先祖」是新石器時代活躍於中國東南沿海的農民，在人口增加與土地需求的壓力下，在公元前4,000年前開始向外擴張，並於公元前4,000～3,500年間來到臺灣，距今5,000年前一部分南島語族人「出臺灣」向南擴散到菲律賓北部，到了公元前2,500～2,000年間，他們迅速擴張，取代了東印尼群島以狩獵和採集維生的原住民。距今3,400年前，南島語族進入近大洋洲，而到了公元1,000年前後，南島語族已拓殖大洋洲多數島嶼。紐西蘭考古學家葛林（Robert Curtis Green）強調南島民族的複雜性，以《航海廊道整合說》闡述南島語族由島嶼東南亞「入侵」近大洋洲後，「整合」了美拉尼西亞住民（美拉尼西亞人來自非洲，在遷移的過程中，曾先後和已經滅絕的──尼安德塔人和丹尼索瓦人混血過）在地的物質與技術，「創新」形成拉匹達文化（Lapita Culture），奠定了南島語族成功拓殖大洋洲的關鍵。拉匹達文化是在西元前1600～1500年的大洋洲新石器文化。
參見──《科學人博學誌：科學探險奇兵》（科學人／2019.11.29），p122。
◆宿兵（中國科學院昆明動物研究所博士、中國科學院昆明動物所研究員）與金力（美國德克薩斯大學生物醫學／遺傳學博士、現為中國科學院院士）曾分析了東南亞、臺灣、密克羅尼西亞、美拉尼西亞、波里尼西亞地區的36個族群，共計551位男性的19個Y染色體單一核酐酸多態型（Single Nucleotide Polymorphism）所組成的單倍體基因型（haplotype），發現臺灣南島民族（即通稱的臺灣原住民）普遍出現的Y染色體單倍體基因型，和密克羅尼西亞、波里尼西亞普遍出現的基因型差異極大：臺灣原住民的主要型態為H6至H12（但不同的臺灣原住民族群各有不同的基因型態），密克羅尼西亞、波里尼西亞為H1、H5、H6等，而美拉尼西亞則為H1、H5、H17。但在島嶼東南亞族群中，前述兩個地區的單倍體基因型都有出現，顯示島嶼東南亞可能是這兩個地區南島族群共同的起源地……
宿兵等人在這一篇論文發表之前一年，已經檢測東南亞地區34個族群925位男性的Y染色體單一核酐酸多態型，發現中國大陸北方族群的單倍體型式較少，且都被大陸南方族群的單倍體型式所包含，因而推測現代人在最後冰河期進入東亞後由南向北遷移（Su et al. 1999）。
而金力與宿兵甫於2000年11月份在Nature Reviews發表的一篇回顧論文中，更進一步確認現代智人種（homo sapiens）「遠離非洲」（out of Africa）的理論（Jin and Su 2000），他們認為：現代智人種於六萬至一萬八千年前的更新世（Pleistocene）最後一個冰河期間進入中南半島，其中一波由南往北遷移，形成現今東北亞的族群（日本、朝鮮、蒙古），另有一波則往南遷移，經過馬來西亞與印尼，並往東遷移至大洋洲。上述研究所包含的阿美、排灣、泰雅、雅美等四群臺灣原住民的血液檢體，係由1992至1996年中研院主題計畫「臺灣與東南亞南島民族的生物與文化類緣關係之研究」所提供。
這一些震撼臺灣原鄉論的資料主要來自遺傳基因的分析；但是並非所有遺傳基因的分析都指向這個結論。至目前為止，被用來探討南島族群起源地的基因資料，除了Y染色體之外，還包括紅血球血型、人類白血球抗原（HLA）、微衛星體 （microsatellite）、粒線體DNA（mtDNA）等。值得注意的是，利用不同的指標所得到的結論往往有相當大的差異……
參見－－陳叔倬、許木柱：《臺灣原鄉論的震撼～族群遺傳基因資料的評析》。
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