查詢維基百科，「白色恐怖」與「綠色恐怖」都被收錄，但是差異很大，白色恐怖的解說洋洋灑灑一大篇，大致符合一般的認知；綠色恐怖的解說非常簡略，列出七種可能的涵義，卻只有最後一涵義「政治術語，指以民主進步黨為首的綠營在台灣的施政爭議…」與台灣的一般認知比較接近，但並不完備。本文比較綠色恐怖與白色恐怖的異同，藉以看清綠色恐怖有何恐怖？
綠色恐怖這個詞被提出，顯然是要類比白色恐怖，但是一般所謂的白色恐怖始於1949年臺灣發布《戒嚴令》，直到1991年廢除所有有關戒嚴的法令為止，長達42年，這期間臺灣的政治、軍事情勢變化非常大，要如何類比？
1968年以前，兩岸斷斷續續發生了不少戰役，包括海戰、空戰，以及規模相當大的1958年金門823砲戰（解放軍對金門的單打双不打砲擊甚至到1979年才完全結束），因此臺灣在1970年以前可說都處在戰時狀態，與此後至今的承平時期完全不同。綠色恐怖要類比白色恐怖，自然是類比1970-1991的承平時期白色恐怖（以下文中的白色恐怖都指這段時期）。
白色恐怖的主要意識形態是反共、反獨、反黨外，綠色恐怖的主要意識形態是反國民黨、反共、反中，雖然有些不同，但是都追求永遠執政，因此都打壓所有的政治異議者，包括在野黨。
要實現其意識形態，綠色恐怖與白色恐怖都盡力掌控司法和媒體，雖然手法不大相同。當年國民黨因為長期執政，自然能夠在司法界和媒體界安插大量的自己人。民進黨執政沒那麼久，卻刻意的掌控司法和媒體，包括蔡英文提名通過的大法官普遍明顯親綠，檢調系統本就由執政者掌控，綠營以執政預算向親綠媒體大量採購，並且無端關閉中天新聞電視台，使媒體再也不敢太批評綠營政府。
白色恐怖最受垢病而綠色恐怖所無的是：臺灣的全面戒嚴、軍法被用於非軍事案件、以及軍事機關（如警備總部）介入管理非軍事事務。如上述，臺灣在1970年以前可說處在戰時狀態，戒嚴、軍法、警備總部等都有其作用，但1970年以後，這些的功能都已大幅限縮，而且可被正常機制所取代，卻直到1991年才被廢棄。這些於是成為遲鈍的國民黨永遠可被攻擊的污點！
綠色恐怖最厲害而白色恐怖所無的是，民進黨以執政預算豢養了大量的側翼和網軍，不僅大力宣揚其意識形態，更隨時隨地揪出政治異議者（包括在野黨的突出者），加諸嚴厲的侮辱和覇凌。這些側翼和網軍中，青鳥和黑熊部隊是最知名的，但是其他還有很多（最近都冒出來推動大罷免），幾乎是無所不在，使大部份人都相當程度心生恐懼，而不大敢發出反對之聲。白色恐怖常被譴責沒有言論自由，綠色恐怖似乎更沒有言論自由！
1970後的白色恐怖時期，台灣社會大體上是愈來愈寬鬆，只有偶而發生反政府之類的事件時，社會上才有肅殺的氣氛。現在的綠色恐怖，號稱有自由民主，綠營的大量側翼和網軍卻無所不在的監控和聲討政治異議者，社會上的肅殺氣氛比白色恐怖猶有過之啊！（不論白色恐怖或綠色恐怖，受到打擊的當事人當然感覺非常肅殺恐怖。）
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