1894年7月，甲午中日戰爭爆發，台灣地位十分重要。清政府命劉永福赴台灣幫巡撫邵友濂辦理防務。8月，劉永福率黑旗軍赴台北，後又奉命駐守台南，並先後在潮汕、台灣等地招募新兵，將黑旗軍擴充至八營，決心爲保衛台灣血戰到底。
1895年4月，清政府戰敗求和，與日本簽訂了《馬關條約》，把台灣、澎湖列島割給日本。爲了逼使台灣人民投降，日本派北白川能久親王率領日軍主力近衛師團，於5月27日從沖繩出發，分兵兩路進攻台灣。其中一路日軍從三貂角強行登陸，攻占基隆。接着，又進犯台北，這時的巡撫唐景崧等人畏日如虎，紛紛逃回大陸。6月7日台北陷敵，林朝棟亦相繼内渡。
台中空虛，台南形勢緊迫。劉永福在台南草擬《盟的書》，發出聯合抗日的號召，表示為保衛國土「萬死不辭」，「縱使片土之剩，一線之延，亦應全保，不命倭得」。6月28日，台南地方紳民推舉劉永福為台灣民主國總統，領導抗日鬥爭。劉永福堅辭不受，仍以幫辦之職，統率防軍與台灣義軍抗敵保台。
日軍攻占台北之後，隨即南侵新竹。新竹內負崇山，外瀕大海，為台中門戶和戰略要地。劉永福令副將楊紫雲統率新楚軍會同台灣生員吳湯興、姜紹祖、徐驤等領導的義軍據險而戰，大量殺傷敵人。6月下旬，由於義軍軍械不繼，糧食斷絕，新竹陷入敵手。
1895年8月中旬，戰爭轉入台中。為了保衛彰化，黑旗軍和台灣義軍在大甲溪一帶同敵人展開激戰。黑旗軍在大甲溪南岸設伏狙擊，靜待日軍靠岸，突然四出截堵，日軍倉惶北渡，剛回渡至河中間，徐驤指揮義軍猛烈衝殺，日軍船隻被打沉沖翻，紛紛落水淹死，岸上的日軍四散逃遁。這一仗，抗日義軍取得全勝，繳獲敵軍槍械甚多。後來，日軍不甘心失敗收買奸細帶路，偷襲黑旗軍後路，大甲溪遂為日軍所占據。
大甲溪失守後，日軍步步進逼，又靠優勢兵力攻占台中等地。劉永福的部將吳彭年率軍退守彰化。8月28日，日軍以優勢兵力進攻彰化城北的八卦山。吳彭年帶領士兵與敵人展開了肉搏戰，擊斃日本號稱最精銳的近衛師團一千餘人，打死少將山根信成。在這場悲壯的血戰中，義軍首領吳湯興中炮犧牲，吳彭年英勇戰死，劉永福黑旗軍的精銳七星隊三百餘人也壯烈殉難，彰化失守。雲林、苗栗亦相繼淪陷，義軍首領徐驤帶領餘部數十人殺出重圍，退往台南。
接著嘉義告急，劉永福命令黑旗軍統領王德標迅速率領所部七星隊北上增援，又派部將楊泗洪節制前敵黑旗軍各營及各地義軍密切配合，並親赴嘉義前線坐鎮指揮。楊泗洪在嘉義附近推行「聯莊法」，各路義軍協力作戰。因而連獲大捷，殺敵近千人，並相繼克復雲林、苗栗，反攻彰化。但黑旗軍和義軍在連續苦戰之後，斷餉缺械，劉永福派人回大陸求援，清政府不但不予接濟，反而將內地募捐援台款項強行扣留，並下令嚴密封鎖沿海，斷絕對台增援。劉永福痛心疾首，發出「內地諸公誤我，我誤台民」的悲嘆！
1895年9月11日，日本又派第二師團增援台灣。在其海軍的配合下，於10月8日，瘋狂地進逼嘉義城。守將王德標在城外暗埋地雷，炸死日軍七百多人。其餘倉惶潰退，半路又被伏兵截擊，死傷甚眾，近衛師團長北白川能久中將亦重傷斃命。翌日，日軍用大炮猛烈轟擊，城牆崩塌，日寇擁入城中。王德標率領黑旗軍和義軍戰士與敵人展開巷戰，終因勢孤力弱，隻身退到台南曾文溪一帶。
10月15日，日艦進攻台南東南的打狗港。劉永福的養子劉成良率軍多次打退敵人的進攻，後來守衛炮台的兵士饑餓不能戰，成良退守台南。這時，據守曾文溪的黑旗軍和義軍將士，在王德標、徐驤的指揮下與日軍展開白刃格鬥，徐驤陣亡，王德標下落不明，台南最後一道防線失守。日軍攻占曾文溪，立即調集海陸精銳部隊，夾攻台南城。
10月18日，劉永福召集部將會議，商討戰守之計，未得結果。次日，日軍大擧進攻安平炮台，劉永福親手點燃大炮，轟擊敵艦。當晚，日軍攻城益急，城内糧盡彈絕，在艱苦的惡戰中，士兵饑疲力盡，至不能舉鎗揮刀。當時城内秩序混亂，劉永福欲衝回城内，部眾極力勸阻道：「各路倭兵大至，此城萬不可守，請公去。」劉永福見大勢已去，仰天搥胸，呼號慟哭說：「我何以報朝廷，何以對台民！」當天深夜，劉永福帶領劉成良等十餘人乘坐小艇，然後搭上英國商船「迪利斯」號内渡廈門，21日台南陷落。台灣全境被日寇占據。
奮 起 