蔡孝乾的叛變，確實使中共在台灣的組織系統遭遇了毀滅性的打擊。台灣省工委會作為中共建構「台灣省黨部」的預備機構，原本負責在台灣發展基層組織、滲透行政體系、聯絡知識分子與青年力量。蔡孝乾作為最高負責人，其投向國民政府後的供述，使整個工委會幾乎全盤瓦解，骨幹被捕、地下網絡被清除，某種程度上，確實象徵着中共在台灣的政黨體系建設遭到摧毀。

但真正值得注意的是：工委會的毀滅，並不等於中共在台情報能力的瓦解。原因在於台灣省工委會負責的是「群眾組織與政治工作」，其主要任務並非高階軍事情報。真正掌握專業情報系統的，是中央社會部（後併入中央調查部）內的李克農體系，以及他領導的「隱蔽戰線」專業情報人員。這一群人並不隸屬省工委，而是直接受中共中央與華東局、華南局等地下情工渠道指揮。他們運作的重點，不是組織大眾運動，而是滲透、策反、長期情報布建。因此，蔡孝乾叛變雖然重傷「組織線」，但並未觸及「情報線」。國民政府即使全面收網，也抓不到被刻意分層隔離、深度掩護的真正情報員。

李克農系統的情報員仍留在台灣的軍中、情治體系、港口、機場及外圍關鍵部門，形成了若干「點狀」高價值滲透。此種滲透，不追求大量人脈，而追求精準、穩定、位置關鍵的少數人。例如軍官、測量人員、飛行相關單位、後勤人員、甚至與美軍合作的通訊支援者。

到了 1950–1960 年代，美國與中華民國合作執行深度偵察任務，包括：
黑蝙蝠中隊（空軍34中隊）：夜間沿海滲透、空投特工、電偵任務
黑貓中隊（空軍第35中隊）：駕駛 U-2 高空偵察機進入中國內陸
這些行動完成度高，但也極度敏感，而中共之所以能迅速掌握其行動動向，有幾個層面：

第一，台灣端資訊並不完全封閉。
無論是飛行前準備、油料補給、航電測試、作戰命令下達，都會經過若干層級的人員，而李克農體系的「點狀」滲透正是盯住這些節點。這些情報員多是 1946–1949年間早已被滲透好的軍方或技術人員，並未被蔡孝乾的叛變波及。

第二，台美之間的合作在初期存在訊息外溢。
美軍顧問組、協防司令部與台灣空軍之間有大量協作，指令、機務紀錄、甚至通訊設備的使用方式都可能被側錄。李克農體系的情報員利用這些交叉點蒐集資訊。

第三，中共地面雷達與空防逐漸建成。
特別是 1960 年代後，大陸導入蘇聯提供的雷達、地對空飛彈（尤其是 SA-2），讓黑貓中隊的飛行逐漸被鎖定。每一架 U-2 的起飛時間、航線方向、甚至目的分析，都能與台灣端的情報相互印證，使中共的攔截行動愈來愈精準。

第四，「隱蔽戰線」從不倚賴單一情報來源，而是多源交叉驗證。例如：
台灣軍中、機場或後勤端的情報
香港、澳門的交通線側錄
大陸內部雷達與偵測資料
國際新聞、外交活動的分析
外國記者、商人帶來的碎片情報
這些訊息被李克農體系整合後，中共對台灣空軍行動具有高度預判能力。
於是，黑蝙蝠的低空滲透逐漸變得危險；黑貓的U-2任務從1962起相繼被擊落，甚至常常是剛入境不久就遭鎖定，形同「甕中捉鱉」。

換言之，雖然蔡孝乾的叛變摧毀了中共在台的「政治組織」，但真正致命的「情報網絡」仍完好無缺。李克農系統以高度專業化、點狀部署、長期滲透的方式，使得台灣在冷戰前期的高敏度軍事行動，無可避免地暴露在中共的掌控之下。這種情報優勢，甚至一直延續到 1970 年代初美中和解為止。