大學自治和政治力退出校園，幾乎是公認的價值，為何蔡政府甘冒天下之大不韙而「拔管」？這與二十年來台灣學術界的生態是頗有關聯的。
學術研究的目標是追求真理，因此必須客觀中立，不該受特定意識形態的影響。然而人不可能沒有意識形態，為了客觀中立，學者進行學術研究和判定學術研究的價值時，應該小心排除個人意識形態的影響。這是學術界的理想，但是很多學者卻做不到，無論是有意識的或無意識的。在學術界，每個學者的成就、學術地位的升貶和研究計畫的通過等，都取決於同儕學者的互相評判，而學界大老更有極大的影響力。當學者以個人的意識形態介入學者和學術研究的評判，學術評判不再公正，造成賞罰不公，長期將嚴重傷害學術界的水準。
台灣藍、綠意識形態的對立嚴重，不少學者也有強烈的意識形態，而尤以親綠學者為烈。意識形態強烈的學者常以意識形態介入學術評判，傾向提攜意識形態相同的學者，而排擠意識形態不同的學者，這樣的例子不在少數。筆者認識一位擁有中國歷史博士學位的台灣人，他幾年前至今一直在大陸的大學任教，問他為何？他無奈地回說，他在台灣政治不正確，不太可能找到大學教職，只好流落異鄉。其實這位博士並未參加具體政治活動，最多就是有時候在網路發表一點絕不激烈的個人政治觀點而已。意識形態影響人文社會學科比較大，影響自然學科理應比較小。即使如此，我曾聽到生技領域教授說，絕不願顯露個人的政治傾向和意識形態，否則怕會觸怒某些學界大老，影響其主要研究計畫的通過。
看清台灣學術界的生態，不難明瞭蔡政府為何非要「拔管」不可。台大校長地位崇高、影響力大，若由親綠學者擔任，不僅能以其崇高地位替綠營幫腔，更能提攜意識形態相同的親綠學者，而排擠親藍學者。學者很有發言權，擴大親綠學者的陣容對於擴充綠營的版圖有大功效，因此蔡政府非要「拔管」不可，「拔管」之後再安插親綠學者擔任台大校長嘛。
台灣藍、綠的黨同伐異早已進入學術界，令人難過，但大體上都是個人行為，學者以其意識形態介入學術評判，是個人的「自由心證」，旁人和法律都不可能管。所幸因為是個人行為，各大學各學術領域黨同伐異的嚴重程度各有不同，還能勉強期盼學者自律自清。然而蔡政府「拔管」是政治力、公權力的粗暴介入大學，影響當然遠大於屬於個人行為的黨同伐異，既有寒蟬效應，使親藍學者不敢及不願參加校長遴選；也有鼓舞效應，使親綠學者更加傾向以意識形態黨同伐異。這些都將嚴重傷害學術界，讓學術界萬劫不復。
學術界不以意識形態黨同伐異，是高標；而大學自治和政治力退出校園，是低標。台灣的學術界已經達不到高標，現在竟要落入低標以下，我身為知識份子，是可忍而孰不可忍？我真希望台灣沒有政黨、沒有政務官，而以常任文官治國，這樣學術界不會以意識形態黨同伐異，才是學術界的理想啊。
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